A atividade de pesquisa na Universidade de São Paulo é inerente à atuação dos docentes, como é também a formação para a pesquisa de seus alunos a partir da graduação. Na FEUSP a pesquisa é valorizada e amplamente incentivada junto a alunos e professores por meio de programas institucionais de pesquisa da USP e da própria Faculdade, pela difusão de editais de agências nacionais e internacionais de fomento a pesquisa e pelo apoio ao desenvolvimento de projetos, núcleos e grupos de pesquisa dos docentes. Os programas de Iniciação Científica (IC) e Pré-Iniciação Cientifica (Pré-IC) visam despertar e incentivar o interesse, respectivamente, de alunos de Graduação e alunos do ensino Médio da escola básica pela atividade de investigação em moldes científicos nos diferentes campos de atuação da Faculdade de Educação. O estudante pode desenvolver seu projeto de Iniciação Científica com bolsa oferecida pelas agências de fomento à pesquisa mas também é possível o aluno desenvolver sua pesquisa sem bolsa. Anualmente é organizado pela comissão de pesquisa, em colaboração com outras Unidades e a Pró-reitoria de pesquisa da USP, o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP (SIICUSP).

A pesquisa na Faculdade compreende ainda os estágios de pós-doutorado promovidos na USP e desenvolvidos na Unidade com o objetivo de melhorar sua excelência científica. Participam do programa de pós-doutorado pesquisadores de diferentes universidades do país. Anualmente os pós doutorandos com o suporte da Comissão de pesquisa promovem o Seminário de Pós-doutorado da FEUSP.