A idéia de um curso superior de educação Paulista já fazia parte das concepções dos primeiros republicanos. Assim, logo após a Proclamação da República, em 1892, a Lei Federal nº. 88 previa a instalação, junto à Escola Normal da Capital, de um Curso Superior para formar professores das escolas normais e dos ginásios criados pela mesma lei. Tal previsão, contudo, limitou-se apenas ao âmbito legal. A reforma Sampaio Dória (Lei nº. 1.750, de 08/12/1920) criou uma Faculdade de Educação, com o objetivo de desenvolver estudos avançados no campo da Educação, da Filosofia e das Artes, bem como de preparar pessoal de alto nível para as tarefas da Educação. Essa Faculdade, no entanto, não chegou a funcionar. Apenas em 1933 é que foi instalado o Instituto de Educação, logo em seguida incorporado à Universidade de São Paulo, o qual, foi transformado em 1938 na Seção de Pedagogia da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras e, posteriormente, no Departamento de Educação.
Com a Reforma Universitária (Lei nº. 5.540, de 1968) e a elaboração dos novos Estatutos da Universidade de São Paulo, em 16 de dezembro de 1969, foi criada a Faculdade de Educação que passou a funcionar efetivamente como tal a partir de 1º de janeiro de 1970.
A Faculdade de Educação hoje oferece os cursos nos níveis de graduação e de pós-graduação (stricto sensu), além de diferentes modalidades de pesquisa e projetos de extensão universitária. Na graduação, a Faculdade oferece o curso de Pedagogia e disciplinas pedagógicas para os cursos de licenciatura de toda a Universidade de São Paulo. Também faz parte da formação do aluno a Iniciação à Pesquisa no campo da educação e a extensão universitária. São três os departamentos da Faculdade, segundo áreas de conhecimento específico:
Departamento de Administração Escolar e Economia da Educação (EDA) Desenvolve atividades de ensino, pesquisa, extensão e serviços à comunidade nas seguintes áreas: Administração Escolar, Administração Financeira, Administração de Pessoal, Teoria das Organizações, Economia da Educação, Antropologia das Organizações e da Educação, Educação Especial, Política Educacional, Avaliação Educacional e Gênero, Educação e Trabalho. Departamento de Filosofia da Educação e Ciências da Educação (EDF) Desenvolve atividades de ensino, pesquisa, extensão e serviços à comunidade nas seguintes áreas: História da Educação, História da Educação Brasileira, Sociologia da Educação, Filosofia da Educação, Psicologia da Educação e Educação Especial. Departamento de Metodologia do Ensino e Educação Comparada (EDM) Desenvolve atividades de ensino, pesquisa, extensão e serviços à comunidade nas seguintes áreas: Metodologia do Ensino, Educação Comparada, Didática, Pré-Escola, Formação de Professores e Educação Especial.