A secretaria da CPq é responsável pela comunicação entre o público externo (estudantes/pesquisadores) e interno (corpo docente em geral), encaminha as decisões tomadas pela Comissão nas reuniões mensais, como no caso das aberturas de processos, de pós-doutorado e bolsas de Iniciação Científica (Pré-Iniciação Científica, PIBIC/CNPq, Institucional Reitoria-USP, Institucional FEUSP (com e sem bolsa), acompanha e adéqua os documentos expedidos às normas e à legislação estabelecidas pelo órgão superior (Pró-Reitoria de Pesquisa da USP). Ainda, acompanha todo o processo de publicação dos relatórios dos alunos (Série Iniciação Científica). Divulga e acompanha os projetos: Projeto 1, Apoio a Seminários, Apoio Novos Docentes, Incentivo à Pesquisa, USP COFECUB, USP/USAL e Procontes.